Hello Nextflow¶
Ciao! Ora sei sulla buona strada per scrivere flussi di lavoro scientifici riproducibili e scalabili utilizzando Nextflow.
L'ascesa dei big data ha reso sempre più necessaria la capacità di analizzare ed eseguire esperimenti su grandi set di dati in modo portabile e riproducibile. Parallelizzazione e calcolo distribuito sono le soluzioni migliori per affrontare questa sfida, ma gli strumenti comunemente disponibili per gli scienziati computazionali spesso non supportano adeguatamente queste tecniche o forniscono un modello che non soddisfa appieno le loro esigenze. Nextflow è stato creato appositamente per affrontare queste sfide.
Durante questa formazione, ti verrà presentato Nextflow attraverso una serie di workshop pratici complementari.
Iniziamo! Fai clic sul pulsante "Apri in GitHub Codespaces" qui sotto per avviare l'ambiente di training (preferibilmente in una scheda separata), quindi continua a leggere mentre si carica.
Segui i video
La formazione Hello Nextflow contiene un video per ogni capitolo, incorporato nella parte superiore di ogni pagina.
Puoi trovare l'intera playlist anche sul canale YouTube di Nextflow.
Obiettivi di apprendimento¶
In questo workshop apprenderai i concetti fondamentali per la creazione di pipeline.
Alla fine di questo workshop sarai in grado di:
- Descrivere e utilizzare i componenti principali di Nextflow sufficienti per creare un semplice flusso di lavoro multi-step
- Descrivere i concetti del passaggio successivo come operatori e fabbriche di canali
- Avvia un flusso di lavoro Nextflow in locale
- Trova e interpreta gli output (risultati) e i file di registro generati da Nextflow
- Risolvere i problemi di base
Pubblico e prerequisiti¶
Questo workshop è rivolto a chi non ha mai usato Nextflow. Si presuppone una certa familiarità con la riga di comando e con i formati di file più comuni.
Prerequisiti
- Un account GitHub OPPURE un'installazione locale come descritto qui.
- Esperienza con la riga di comando e la scrittura di script di base