Formation Nextflow¶
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Cours en libre accès
Bienvenue sur le portail de formation de la communauté Nextflow !
Suivez les cours ci-dessous à votre propre rythme, dans notre environnement web ou le vôtre. Chaque cours est pratique, avec des exercices orientés vers des objectifs que vous pouvez réaliser de manière autonome.
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Événements de formation
Vous cherchez quelque chose au-delà du libre accès ?
Retrouvez des événements de formation structurés, des conseils pour organiser vos propres formations, ainsi que notre licence open-source et notre politique de contribution.
Traduction assistée par IA
Cette traduction a été créée à l'aide de l'intelligence artificielle et révisée par des traducteurs humains. Nous apprécions vos commentaires et suggestions d'amélioration. Consultez notre guide de traduction pour plus d'informations.
Catalog of Nextflow training courses¶
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Pour les utilisateur·trices
Exécuter des pipelines¶
Apprenez à exécuter des pipelines existants sans écrire de code.
Nextflow Run : Exécuter des pipelines avec Nextflow
Une introduction rapide à l'exécution de pipelines Nextflow qui ne nécessite pas de comprendre le code. Couvre le lancement de pipelines, la récupération des sorties, l'utilisation de conteneurs et la configuration de l'exécution à un niveau de base.
Use nf-core : Trouver et exécuter des pipelines créés par la communauté
Une introduction rapide à la recherche, l'exécution et la configuration de pipelines issus du projet communautaire nf-core, en commençant par un pipeline de démonstration minimal puis en passant à un pipeline d'analyse à l'échelle de la production.
Scale with Seqera : Lancer et surveiller des pipelines à grande échelle
Une introduction pratique au lancement et à la surveillance de pipelines Nextflow avec Seqera Platform, depuis l'interface web et la ligne de commande.
Gérer l'exécution¶
Apprenez à gérer efficacement l'exécution des pipelines.
Configure Execution : Configurer les ressources, les nouvelles tentatives et les profils d'exécution
Une introduction pratique à la configuration de l'exécution de pipelines Nextflow : adaptation à différents environnements de calcul, contrôle des allocations de ressources et des nouvelles tentatives, et basculement entre des profils de configuration prédéfinis.
D'autres sujets à venir
L'optimisation des performances, l'exécution HPC/cloud et bien d'autres sujets sont prévus pour cette section. Votez pour les prochains sujets à couvrir dans notre court sondage.
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Pour les développeur·ses
Écrire des pipelines¶
Apprenez à développer vos propres pipelines Nextflow.
Hello Nextflow : Développer vos propres pipelines de zéro
Ce cours couvre les composants essentiels du langage Nextflow avec suffisamment de détails pour permettre le développement de pipelines simples mais entièrement fonctionnels, ainsi que les éléments clés de la conception, du développement et des bonnes pratiques de configuration des pipelines.
Build with nf-core : Utiliser les outils et les règles nf-core
Pour les développeur·ses Nextflow qui souhaitent apprendre à développer des pipelines conformes à nf-core. Le cours couvre la structure des pipelines nf-core avec suffisamment de détails pour permettre le développement de pipelines simples mais entièrement fonctionnels qui tirent parti du template nf-core et des meilleures pratiques de développement, ainsi que l'utilisation de modules nf-core existants.
Side Quests : Plongez dans des sujets Nextflow avancés
Une collection de mini-cours autonomes destinés aux développeur·ses Nextflow qui souhaitent élargir leur champ de compétences et/ou approfondir leurs connaissances sur des sujets particuliers. Ils sont présentés de manière linéaire mais peuvent être suivis dans n'importe quel ordre (voir les dépendances dans l'aperçu de chaque mini-cours).
Nextflow pour la science¶
Apprenez à développer des pipelines Nextflow pour des applications scientifiques spécifiques.
Genomics : Développer un pipeline de détection de variants
Un cours pour les chercheur·euses qui souhaitent apprendre à développer leurs propres pipelines de génomique, en utilisant un cas d'usage de détection de variants pour illustrer les patterns essentiels de développement Nextflow.
RNAseq : Développer un pipeline de traitement RNAseq en masse
Un cours pour les chercheur·euses qui souhaitent apprendre à développer leurs propres pipelines RNAseq, en utilisant un cas d'usage de traitement RNAseq en masse pour illustrer les patterns essentiels de développement Nextflow.
Bioimaging : Exécuter et configurer des pipelines d'imagerie
Un cours pour les chercheur·euses qui souhaitent apprendre à exécuter et configurer des pipelines de bio-imagerie, en utilisant nf-core/molkart pour illustrer les patterns essentiels d'utilisation de Nextflow.
Configuration & Aide¶
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Environnement de formation
Options pour configurer votre environnement pour les formations Nextflow.
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Versions de Nextflow
Comprendre et gérer l'évolution des versions de syntaxe de Nextflow.
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Le pipeline Hello
Récapitulatif de ce que fait le pipeline Hello et de sa structure.
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Obtenir de l'aide
Ressources utiles lorsque vous rencontrez un problème avec la formation Nextflow.