Formation Nextflow¶
-
Cours en libre-service
Bienvenue sur le portail de formation de la communauté Nextflow !
Les cours de formation listés ci-dessous sont conçus pour être utilisés en libre-service. Vous pouvez les suivre à votre propre rythme, à tout moment, soit dans l'environnement web que nous fournissons via Github Codespaces, soit dans votre propre environnement.
-
Informations complémentaires
Compatibilité des versions
À partir de janvier 2026, tous nos cours de formation Nextflow requièrent Nextflow version 25.10.2 ou ultérieure, avec la syntaxe stricte activée, sauf indication contraire.
Pour plus d'informations sur les exigences de version et la syntaxe stricte, veuillez consulter le guide de migration de la documentation Nextflow.
Les versions plus anciennes du matériel de formation correspondant à la syntaxe précédente sont disponibles via le sélecteur de version dans la barre de menu de cette page.
Options d'environnement
Nous fournissons un environnement de formation web où tout ce dont vous avez besoin pour suivre la formation est préinstallé, disponible via Github Codespaces (nécessite un compte GitHub gratuit).
Si cela ne correspond pas à vos besoins, veuillez consulter les autres options d'environnement.
Événements de formation
Si vous préférez suivre une formation Nextflow dans le cadre d'un événement structuré, de nombreuses opportunités s'offrent à vous. Nous vous recommandons de consulter les options suivantes :
- Training Weeks organisées trimestriellement par l'équipe Community
- Seqera Events comprennent des événements de formation en présentiel organisés par Seqera (recherchez « Seqera Sessions » et « Nextflow Summit »)
- Nextflow Ambassadors organisent des événements pour leur communauté locale
- nf-core events comprennent des hackathons communautaires
Informations pour les formateur·trices
Si vous êtes un·e formateur·trice qui organise vos propres formations, vous êtes invité·e à utiliser nos supports directement depuis le portail de formation, à condition d'attribuer les crédits appropriés. Consultez la section « Crédits et contributions » ci-dessous pour plus de détails.
De plus, nous serions ravis d'avoir votre retour sur la façon dont nous pourrions mieux soutenir vos efforts de formation ! Contactez-nous à community@seqera.io ou sur le forum communautaire (voir la page Aide).
Licence open-source et politique de contribution
Ce matériel de formation est développé et maintenu par Seqera et publié sous une licence open-source (CC BY-NC-SA) au bénéfice de la communauté. Si vous souhaitez utiliser ce matériel d'une manière qui dépasse le cadre de la licence (notez les restrictions sur l'utilisation commerciale et la redistribution), veuillez nous contacter à community@seqera.io pour discuter de votre demande.
Nous accueillons avec plaisir les améliorations, corrections et signalements de bugs de la communauté. Chaque page dispose d'une icône en haut à droite, qui renvoie vers le dépôt de code, où vous pouvez signaler des problèmes ou proposer des modifications au matériel de formation via une pull request. Consultez le fichier
README.mddans le dépôt pour plus de détails.
Traduction assistée par IA
Cette traduction a été créée à l'aide de l'intelligence artificielle et révisée par des traducteurs humains. Nous apprécions vos commentaires et suggestions d'amélioration. Consultez notre guide de traduction pour plus d'informations.
Catalog of Nextflow training courses¶
-
Parcours débutant
Nextflow for Newcomers¶
Des cours indépendants de tout domaine, destinés aux personnes qui découvrent complètement Nextflow. Chaque cours est composé d'une série de modules de formation conçus pour aider les apprenant·es à développer leurs compétences progressivement.
Hello Nextflow : Apprenez à développer vos propres pipelines
Ce cours couvre les composants essentiels du langage Nextflow avec suffisamment de détails pour permettre le développement de pipelines simples mais entièrement fonctionnels, ainsi que les éléments clés de la conception, du développement et des bonnes pratiques de configuration des pipelines.
Nextflow Run : Apprenez à exécuter des pipelines existants
Une introduction concise à l'exécution et à la configuration de pipelines Nextflow, basée sur le cours Hello Nextflow pour les développeur·ses, mais avec moins d'accent sur le code. Couvre l'exécution, les sorties, la structure de base du code et la configuration pour différents environnements de calcul.
Nextflow for Science¶
Apprenez à appliquer les concepts et composants présentés dans « Hello Nextflow » à des cas d'usage scientifiques spécifiques.
Nextflow for Genomics (variant calling)
Pour les chercheur·euses qui souhaitent apprendre à développer leurs propres pipelines de génomique. Le cours utilise un cas d'usage de variant calling pour démontrer comment développer un pipeline de génomique simple mais fonctionnel.
Nextflow for RNAseq (bulk RNAseq)
Pour les chercheur·euses qui souhaitent apprendre à développer leurs propres pipelines RNAseq. Le cours utilise un cas d'usage de traitement bulk RNAseq pour démontrer comment développer un pipeline RNAseq simple mais fonctionnel.
Nextflow for Imaging (spatial omics)
Pour les chercheur·euses en imagerie et en spatial omics qui souhaitent apprendre à exécuter et personnaliser des pipelines d'analyse. Le cours utilise le pipeline nf-core/molkart pour fournir un pipeline biologiquement pertinent et démontrer comment exécuter, configurer et gérer les entrées pour les workflows de pipelines Nextflow.
-
Parcours avancé
From Nextflow to nf-core¶
Apprenez à utiliser le code et les bonnes pratiques du projet communautaire nf-core.
Ces cours vous accompagnent des fondamentaux de Nextflow jusqu'aux bonnes pratiques nf-core. Comprenez comment et pourquoi la communauté nf-core développe des pipelines, et comment vous pouvez contribuer et réutiliser ces techniques.
Hello nf-core : Premiers pas avec nf-core
Pour les développeur·ses qui souhaitent apprendre à exécuter et développer des pipelines conformes à nf-core. Le cours couvre la structure des pipelines nf-core avec suffisamment de détails pour permettre le développement de pipelines simples mais entièrement fonctionnels, suivant le modèle nf-core et les bonnes pratiques de développement, ainsi que l'utilisation des modules nf-core existants.
Advanced Nextflow Training¶
Apprenez des concepts et mécanismes avancés pour développer et déployer des pipelines Nextflow afin de répondre à des cas d'usage réels.
Quêtes secondaires : Explorations approfondies de sujets autonomes
Des mini-cours autonomes destinés aux développeur·ses Nextflow qui souhaitent élargir leur champ de compétences et/ou approfondir leurs connaissances sur des sujets particuliers. Ils sont présentés de manière linéaire mais peuvent être suivis dans n'importe quel ordre (voir les dépendances dans l'aperçu de chaque mini-cours).
Training Collections : Parcours d'apprentissage recommandés à travers les Quêtes secondaires
Les Training Collections combinent plusieurs Quêtes secondaires afin de fournir une expérience d'apprentissage complète autour d'un thème ou d'un cas d'usage particulier.
Vous recherchez des supports de formation archivés ?
Les anciens supports de formation (Fundamentals Training, Advanced Training et d'autres cours expérimentaux) ont été retirés du portail de formation car ils sont incompatibles avec la syntaxe stricte de Nextflow 3.0. Si vous avez besoin d'accéder à ces supports, ils sont disponibles dans l'historique git antérieur à janvier 2026.
