Treinamento Nextflow¶
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Cursos autônomos
Bem-vindo ao portal de treinamento da comunidade Nextflow!
Faça os cursos abaixo no seu próprio ritmo, em nosso ambiente baseado na web ou no seu próprio. Cada curso é prático, com exercícios orientados a objetivos que você pode completar de forma independente.
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Eventos de Treinamento
Procurando algo além dos cursos autônomos?
Encontre eventos de treinamento estruturados, orientações para conduzir seus próprios treinamentos e nossa licença de código aberto e política de contribuição.
Tradução assistida por IA
Esta tradução foi criada utilizando inteligência artificial e revisada por tradutores humanos. Agradecemos seu feedback e sugestões de melhorias. Consulte nosso guia de tradução para mais informações.
Catalog of Nextflow training courses¶
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Para usuários
Executar pipelines¶
Aprenda a executar pipelines existentes sem escrever nenhum código.
Nextflow Run: Execute pipelines com Nextflow
Uma introdução rápida à execução de pipelines Nextflow que não requer compreensão de código. Abrange o lançamento de pipelines, recuperação de saídas, uso de contêineres e configuração de execução em um nível básico.
Use nf-core: Encontre e execute pipelines curados pela comunidade
Uma introdução rápida para encontrar, executar e configurar pipelines do projeto comunitário nf-core, começando com um pipeline de demonstração mínimo e escalando até um pipeline de análise em escala de produção.
Scale with Seqera: Lance e monitore pipelines em escala
Uma introdução prática ao lançamento e monitoramento de pipelines Nextflow com a Seqera Platform, tanto pela interface web quanto pela linha de comando.
Gerenciar execução¶
Aprenda a gerenciar a execução de pipelines de forma eficaz.
Configure Execution: Configure recursos, tentativas e perfis de execução
Uma introdução prática à configuração da execução de pipelines Nextflow: adaptação a diferentes ambientes de computação, controle de alocações de recursos e tentativas, e alternância entre perfis de configuração predefinidos.
Mais tópicos em breve
Ajuste de desempenho, execução em HPC/nuvem e muito mais estão planejados para esta seção. Vote no que abordar a seguir em nossa pesquisa rápida de interesse.
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Para desenvolvedores
Escrever pipelines¶
Aprenda a desenvolver seus próprios pipelines Nextflow.
Hello Nextflow: Desenvolva seus próprios pipelines do zero
Este curso abrange os componentes principais da linguagem Nextflow com detalhes suficientes para permitir o desenvolvimento de pipelines simples, mas totalmente funcionais, além de elementos-chave de design de pipelines, práticas de desenvolvimento e configuração.
Build with nf-core: Use as ferramentas e regras do nf-core
Para desenvolvedores Nextflow que desejam aprender a desenvolver pipelines compatíveis com o nf-core. O curso abrange a estrutura dos pipelines nf-core com detalhes suficientes para permitir o desenvolvimento de pipelines simples, mas totalmente funcionais, que aproveitam o template nf-core e as melhores práticas de desenvolvimento, além do uso de módulos nf-core existentes.
Side Quests: Mergulhe em tópicos avançados de Nextflow
Uma coleção de mini-cursos independentes destinados a desenvolvedores Nextflow que desejam ampliar seu repertório e/ou aprofundar suas habilidades em tópicos específicos. São apresentados de forma linear, mas podem ser feitos em qualquer ordem (veja as dependências na visão geral de cada mini-curso).
Nextflow para Ciência¶
Aprenda a desenvolver pipelines Nextflow para aplicações científicas específicas.
Genomics: Desenvolva um pipeline de chamada de variantes
Um curso para pesquisadores que desejam aprender a desenvolver seus próprios pipelines de genômica, usando um caso de uso de chamada de variantes para demonstrar padrões essenciais de desenvolvimento em Nextflow.
RNAseq: Desenvolva um pipeline de processamento de RNAseq em massa
Um curso para pesquisadores que desejam aprender a desenvolver seus próprios pipelines de RNAseq, usando um caso de uso de processamento de RNAseq em massa para demonstrar padrões essenciais de desenvolvimento em Nextflow.
Bioimaging: Execute e configure pipelines de imagem
Um curso para pesquisadores que desejam aprender a executar e configurar pipelines de bioimagem, usando o nf-core/molkart para demonstrar padrões essenciais de uso do Nextflow.
Configuração e Ajuda¶
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Ambiente de Treinamento
Opções para configurar seu ambiente para os treinamentos Nextflow.
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Versões do Nextflow
Entendendo e gerenciando a evolução das versões de sintaxe do Nextflow.
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O pipeline Hello
Resumo do que o pipeline Hello faz e como ele é estruturado.
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Obtendo ajuda
Recursos úteis quando você tiver um problema com o treinamento Nextflow.