Instalação local¶

Se você não conseguiu acessar o Gitpod, uma alternativa é instalar tudo localmente.

Alguns dos requisitos podem ser diferentes, a depender da sua máquina local.

Requisitos¶

Nextflow pode ser utilizado em qualquer sistema compatível com o POSIX (Linux, macOS, Subsistema Linux para Windows, etc.).

Requisitos

Requisitos opcionais

Singularity 2.5.x (ou posterior)
Conda 4.5 (ou posterior)
Graphviz
AWS CLI
Um ambiente computacional configurado no AWS Batch

Baixando Nextflow¶

Execute esse comando em seu terminal:

wget -qO- https://get.nextflow.io | bash

Você também pode usar o comando curl:

curl -s https://get.nextflow.io | bash

Em seguida, garanta que o binário baixado é executável:

chmod +x nextflow

Por fim, garanta que o executável do nextflow está na sua $PATH. O executável pode estar presente em /usr/local/bin, /bin/, etc.

Docker¶

Garanta que o Docker Desktop está rodando em sua máquina. Você pode baixar o Docker aqui.

Material de treinamento¶

Você pode ver o material de treinamento aqui.

Para baixar o material, execute esse comando:

git clone https://github.com/nextflow-io/training.git

Então use cd para entrar no diretório nf-training.

Verificando sua instalação¶

Verifique que você instalou nextflow corretamente executando o seguinte comando:

nextflow info

Esse comando deve imprimir a versão, o sistema e o ambiente de execução atuais.

Exercise

Para testar que seu ambiente está funcionando corretamente, execute o seguinte comando:

nextflow info

Esse comando deve trazer informação sobre a versão do Nextflow e sobre seu ambiente de execução:

Version: 23.10.1 build 5891
Created: 12-01-2024 22:01 UTC
System: Linux 6.1.75-060175-generic
Runtime: Groovy 3.0.19 on OpenJDK 64-Bit Server VM 11.0.1-internal+0-adhoc..src
Encoding: UTF-8 (UTF-8)