Capacitación en Nextflow¶
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Cursos de autoservicio
¡Bienvenido/a al portal de capacitación de la comunidad Nextflow!
Avance a su propio ritmo a través de los cursos que se presentan a continuación, en nuestro entorno basado en la web o en el suyo propio. Cada curso es práctico, con ejercicios orientados a objetivos que puede completar de forma independiente.
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Eventos de capacitación
¿Busca algo más allá del autoservicio?
Encuentre eventos de capacitación estructurados, orientación para organizar sus propios talleres y nuestra licencia de código abierto y política de contribución.
Traducción asistida por IA
Esta traducción fue creada utilizando inteligencia artificial y revisada por traductores humanos. Agradecemos sus comentarios y sugerencias de mejora. Consulte nuestra guía de traducción para más información.
Catalog of Nextflow training courses¶
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Para usuarios
Ejecutar pipelines¶
Aprenda a ejecutar pipelines existentes sin escribir ningún código.
Nextflow Run: Ejecutar pipelines con Nextflow
Una introducción rápida a la ejecución de pipelines de Nextflow que no requiere comprensión del código. Cubre el lanzamiento de pipelines, la recuperación de salidas, el uso de contenedores y la configuración de la ejecución a un nivel básico.
Use nf-core: Encontrar y ejecutar pipelines curados por la comunidad
Una introducción rápida para encontrar, ejecutar y configurar pipelines del proyecto comunitario nf-core, comenzando con un pipeline de demostración mínimo y escalando hasta un pipeline de análisis a escala de producción.
Scale with Seqera: Lanzar y monitorear pipelines a escala
Una introducción práctica al lanzamiento y monitoreo de pipelines de Nextflow con Seqera Platform, tanto desde la interfaz web como desde la línea de comandos.
Gestionar la ejecución¶
Aprenda a gestionar la ejecución de pipelines de manera efectiva.
Configure Execution: Configurar recursos, reintentos y perfiles de ejecución
Una introducción práctica a la configuración de la ejecución de pipelines de Nextflow: adaptación a diferentes entornos de cómputo, control de asignaciones de recursos y reintentos, y cambio entre perfiles de configuración predefinidos.
Más temas próximamente
La optimización del rendimiento, la ejecución en HPC/nube y más están planificados para esta sección. Vote sobre qué temas cubrir a continuación en nuestra breve encuesta de interés.
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Para desarrolladores
Escribir pipelines¶
Aprenda a desarrollar sus propios pipelines de Nextflow.
Hello Nextflow: Desarrollar sus propios pipelines desde cero
Este curso cubre los componentes principales del lenguaje Nextflow con suficiente detalle para permitir el desarrollo de pipelines simples pero completamente funcionales, además de elementos clave de diseño, desarrollo y prácticas de configuración de pipelines.
Build with nf-core: Usar las herramientas y reglas de nf-core
Para desarrolladores de Nextflow que deseen aprender a desarrollar pipelines compatibles con nf-core. El curso cubre la estructura de los pipelines de nf-core con suficiente detalle para permitir el desarrollo de pipelines simples pero completamente funcionales que aprovechen la plantilla de nf-core y las mejores prácticas de desarrollo, así como el uso de módulos de nf-core existentes.
Side Quests: Profundizar en temas avanzados de Nextflow
Una colección de mini-cursos independientes destinados a desarrolladores de Nextflow que deseen ampliar su alcance y/o profundizar sus habilidades en temas particulares. Se presentan de forma lineal, pero pueden tomarse en cualquier orden (consulte las dependencias en la descripción general de cada mini-curso).
Nextflow para la Ciencia¶
Aprenda a desarrollar pipelines de Nextflow para aplicaciones científicas específicas.
Genomics: Desarrollar un pipeline de llamado de variantes
Un curso para investigadores que deseen aprender a desarrollar sus propios pipelines de genómica, utilizando un caso de uso de llamado de variantes para demostrar los patrones esenciales de desarrollo en Nextflow.
RNAseq: Desarrollar un pipeline de procesamiento de RNAseq masivo
Un curso para investigadores que deseen aprender a desarrollar sus propios pipelines de RNAseq, utilizando un caso de uso de procesamiento de RNAseq masivo para demostrar los patrones esenciales de desarrollo en Nextflow.
Bioimaging: Ejecutar y configurar pipelines de imágenes
Un curso para investigadores que deseen aprender a ejecutar y configurar pipelines de bioimagen, utilizando nf-core/molkart para demostrar los patrones esenciales de uso de Nextflow.
Configuración y ayuda¶
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Entorno de capacitación
Opciones para configurar su entorno para las capacitaciones de Nextflow.
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Versiones de Nextflow
Comprensión y gestión de la evolución de las versiones de sintaxis de Nextflow.
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El pipeline Hello
Resumen de lo que hace el pipeline Hello y cómo está estructurado.
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Obtener ayuda
Recursos útiles cuando tenga un problema con la capacitación de Nextflow.