Nextflow Runcourse¶
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Resumen del curso
Traducción asistida por IA - más información y sugerencias
Nextflow Run es una introducción práctica a la ejecución de workflows de análisis de datos reproducibles y escalables.
A través de una serie de ejercicios orientados a objetivos, aprenderá los fundamentos para lanzar y gestionar pipelines de Nextflow, comprenderá cómo los canales y operadores permiten el procesamiento paralelo de múltiples entradas, y usará contenedores para gestionar dependencias de software.
Se llevará las habilidades y la confianza para comenzar a ejecutar workflows con Nextflow.
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Información adicional
Requisitos técnicos
Necesitarás una cuenta de GitHub O una instalación local de Nextflow. Consulta Opciones de entorno para más detalles.
Objetivos de aprendizaje
- Lanzar y gestionar pipelines de Nextflow desde la línea de comandos
- Comprender cómo los canales y operadores permiten workflows eficientes con múltiples entradas y múltiples pasos
- Usar contenedores para gestionar dependencias de software y garantizar la reproducibilidad
- Configurar la ejecución de pipelines y sus salidas
- Generar reportes de ejecución, inspeccionar el historial de ejecuciones anteriores y limpiar directorios de trabajo antiguos
- Ejecutar pipelines directamente desde repositorios remotos como GitHub
Audiencia y prerrequisitos
- Audiencia: Este curso está diseñado para quienes son completamente nuevos en Nextflow y desean ejecutar pipelines existentes.
- Habilidades: Se asume cierta familiaridad con la línea de comandos, conceptos básicos de scripting y formatos de archivo comunes.
- Dominio: Los ejercicios son independientes del dominio, por lo que no se requiere conocimiento científico previo.
Descripción general del curso¶
Este curso es práctico, con ejercicios orientados a objetivos estructurados para introducir información gradualmente.
Ejecutará varias versiones de un pipeline de Nextflow que procesa entradas de texto, comenzando con una versión simple de un solo paso y progresando a una versión de múltiples pasos que toma un archivo CSV de entradas, ejecuta algunos pasos de transformación y produce un único archivo de texto con arte ASCII generado por una herramienta en contenedor.
Este curso se enfoca en ejecutar pipelines (nombrado así por el comando principal nextflow run).
Si busca una introducción al desarrollo de pipelines de Nextflow, consulte Hello Nextflow.
Nota
¿Busca la versión anterior de este curso? Ha sido reemplazada por la versión en esta página, pero aún puede consultarse en la versión 3.6.1 del sitio de capacitación.
Plan de lecciones¶
| Capítulo del curso | Resumen | Duración estimada |
|---|---|---|
| Parte 1: Ejecutar Nextflow | Lanzar y gestionar pipelines de Nextflow, y comprender los mecanismos esenciales del workflow | 25 mins |
| Parte 2: Configurar el pipeline | Configurar la ejecución del pipeline y sus salidas usando nextflow.config |
20 mins |
| Parte 3: Gestionar ejecuciones del workflow | Generar reportes de ejecución, inspeccionar el historial de ejecuciones anteriores y limpiar directorios de trabajo antiguos | 10 mins |
| Parte 4: Ejecutar pipelines remotos | Ejecutar un pipeline directamente desde GitHub y fijarlo a una revisión específica | 10 mins |
Al final de este curso, estará bien preparado para abordar los próximos pasos en su camino para ejecutar workflows reproducibles para sus necesidades de computación científica.
¿Listo para tomar el curso?