Resumen del curso¶
Traducción asistida por IA - más información y sugerencias
¡Felicidades por completar el curso de entrenamiento Nextflow Run!
Su recorrido¶
Comenzó con un workflow muy básico, y aprendió a ejecutarlo y encontrar sus salidas.
Luego, ejecutó versiones progresivamente más realistas de ese pipeline: procesando múltiples entradas desde un archivo CSV en paralelo, usando -resume para omitir el trabajo completado, y usando contenedores para gestionar el software del que depende un pipeline.
Después, aprendió cómo personalizar la configuración de un pipeline usando nextflow.config y perfiles, y cómo controlar dónde y cómo se publican sus salidas.
A continuación, aprendió cómo generar reportes de ejecución, inspeccionar el historial de ejecuciones anteriores y limpiar directorios de trabajo antiguos.
Finalmente, aprendió cómo ejecutar pipelines directamente desde repositorios remotos como GitHub.
Habilidades adquiridas¶
A través de este curso práctico, ha aprendido cómo:
- Lanzar un workflow de Nextflow localmente y encontrar sus salidas
- Ejecutar un pipeline de múltiples pasos que procesa múltiples entradas en paralelo
- Usar
-resumepara evitar repetir el trabajo completado - Usar contenedores para gestionar las dependencias de software
- Configurar pipelines usando
nextflow.configy perfiles - Personalizar dónde y cómo se publican las salidas
- Generar un reporte de ejecución HTML con
-with-reporty una línea de tiempo de ejecución con-with-timeline - Inspeccionar el historial de ejecuciones anteriores con
nextflow log - Limpiar directorios de trabajo antiguos con
nextflow clean - Ejecutar un pipeline directamente desde un repositorio remoto, y fijarlo a una revisión específica (y desfijarlo nuevamente) para garantizar la reproducibilidad
Ahora está equipado con el conocimiento fundamental para comenzar a integrar pipelines de Nextflow existentes en su propio trabajo.
Próximos pasos para desarrollar sus habilidades¶
Aquí están nuestras principales sugerencias de qué hacer a continuación:
- Profundice en la configuración de pipelines con Configure Execution
- Aprenda a ejecutar pipelines de la comunidad nf-core con Use nf-core
- Lance y monitoree pipelines a escala con Scale with Seqera
O, si está listo para dejar de solo ejecutar Nextflow y comenzar a escribirlo, conviértase en un desarrollador de Nextflow con Hello Nextflow.
Obtener ayuda¶
Para recursos de ayuda y soporte de la comunidad, vea la página de Ayuda.
Encuesta de retroalimentación¶
Antes de continuar, ¡tómese un minuto para completar la encuesta del curso! Su retroalimentación nos ayuda a mejorar nuestros materiales de entrenamiento para todos.