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Resumo do curso

Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias

Parabéns por concluir o curso de treinamento Nextflow Run! 🎉

Sua jornada

Você começou com um fluxo de trabalho muito básico e aprendeu a executá-lo, encontrar as saídas e gerenciar sua execução. Então, você trabalhou através de versões cada vez mais complexas daquele fluxo de trabalho e aprendeu a reconhecer os conceitos e mecanismos essenciais que alimentam os pipelines Nextflow, incluindo canais e operadores, modularização de código e contêineres. Finalmente, você aprendeu como personalizar a configuração de um pipeline para se adequar às suas preferências e sua infraestrutura computacional.

O que você aprendeu

Você agora é capaz de gerenciar a execução do pipeline Hello, descrever como ele está estruturado e identificar as principais peças de código envolvidas.

  • A forma final do fluxo de trabalho Hello recebe como entrada um arquivo CSV contendo saudações de texto.
  • As quatro etapas são implementadas como processos Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings e cowpy) armazenados em arquivos de módulo separados.
  • Os resultados são publicados em um diretório chamado results/.
  • A saída final do pipeline é um arquivo de texto simples contendo arte ASCII de um personagem dizendo as saudações em maiúsculas.
sayHello*-output.txtconvertToUpperUPPER-*collectGreetingsCOLLECTED-trio-output.txtHELLOBONJOURHOLàHello, English, 123 Bonjour, French, 456Holà, Spanish, 789greetings.csvHELLOBONJOURHOLàUPPER-Hello-output.txtUPPER-Bonjour-output.txtUPPER-Holà-output.txtcowPycowpy-COLLECTED-trio-output.txt--batch triotrio-report.txtThere were 3 greetingsin this batch.--input_________/ HOLà \| HELLO |\ BONJOUR /--------- \ ,+*^^*+___+++_ \ ,*^^^^ ) \ _+* ^**+_ \ +^ _ _++*+_+++_, ) _+^^*+_ ( ,+*^ ^ \+_ ) { ) ( ,( ,_+--+--, ^) ^\ { (\@) } f ,( ,+-^ __*_*_ ^^\_ ^\ ) {:;-/ (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_ ) ) / ( / ( ( ,___ ^*+_+* ) < < \ U _/ ) *--< ) ^\-----++__) ) ) ) ( ) _(^)^^)) ) )\^^^^^))^*+/ / / ( / (_))_^)) ) ) ))^^^^^))^^^)__/ +^^ ( ,/ (^))^)) ) ) ))^^^^^^^))^^) _) *+__+* (_))^) ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^ \ \_)^)_)) ))^^^^^^^^^^))^^^^) (_ ^\__^^^^^^^^^^^^))^^^^^^^) ^\___ ^\__^^^^^^))^^^^^^^^)\\ ^^^^^\uuu/^^\uuu/^^^^\^\^\^\^\^\^\^\ ___) >____) >___ ^\_\_\_\_\_\_\) ^^^//\\_^^//\\_^ ^(\_\_\_\) ^^^ ^^ ^^^ ^
  1. sayHello: Escreve cada saudação em seu próprio arquivo de saída (ex. "Hello-output.txt")
  2. convertToUpper: Converte cada saudação para maiúsculas (ex. "HELLO")
  3. collectGreetings: Coleta todas as saudações em maiúsculas em um único arquivo de lote
  4. cowpy: Gera arte ASCII usando a ferramenta cowpy

A configuração do fluxo de trabalho suporta fornecer entradas e parâmetros de forma flexível e reproduzível.

Habilidades adquiridas

Através deste curso prático, você aprendeu como:

  • Iniciar um fluxo de trabalho Nextflow localmente
  • Encontrar e interpretar saídas (resultados) e arquivos de log gerados pelo Nextflow
  • Reconhecer os componentes principais do Nextflow que constituem um fluxo de trabalho simples de múltiplas etapas
  • Descrever conceitos de próximos passos como operadores e fábricas de canal
  • Configurar pipelines para diferentes ambientes de computação

Você agora está equipado com o conhecimento fundamental para começar a integrar pipelines Nextflow existentes em seu próprio trabalho.

Próximos passos para construir suas habilidades

Aqui estão nossas principais sugestões do que fazer a seguir:

Finalmente, recomendamos que você dê uma olhada na Seqera Platform, uma plataforma baseada em nuvem desenvolvida pelos criadores do Nextflow que torna ainda mais fácil lançar e gerenciar seus fluxos de trabalho, bem como gerenciar seus dados e executar análises interativamente em qualquer ambiente.

Obtendo ajuda

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