Nextflow Runcourse¶
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Resumo do curso
Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias
Nextflow Run é uma introdução prática para executar análises de dados reproduzíveis e escaláveis.
Trabalhando através de uma série de exercícios orientados a objetivos, você aprenderá os fundamentos para iniciar e gerenciar pipelines Nextflow, entenderá como canais e operadores permitem o processamento paralelo de múltiplas entradas e usará contêineres para gerenciar dependências de software.
Você levará consigo as habilidades e confiança para começar a executar fluxos de trabalho com Nextflow.
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Informações adicionais
Requisitos técnicos
Você precisará de uma conta no GitHub OU de uma instalação local do Nextflow. Consulte Opções de ambiente para mais detalhes.
Objetivos de aprendizado
- Iniciar e gerenciar pipelines Nextflow pela linha de comando
- Entender como canais e operadores permitem fluxos de trabalho eficientes com múltiplas entradas e múltiplas etapas
- Usar contêineres para gerenciar dependências de software e garantir reprodutibilidade
- Configurar a execução de pipelines e saídas
- Gerar relatórios de execução, inspecionar o histórico de execuções anteriores e limpar diretórios de trabalho antigos
- Executar pipelines diretamente de repositórios remotos como o GitHub
Público e pré-requisitos
- Público: Este curso é projetado para alunos que são completamente novos no Nextflow e querem executar pipelines existentes.
- Habilidades: Alguma familiaridade com a linha de comando, conceitos básicos de script e formatos de arquivo comuns é assumida.
- Domínio: Os exercícios são todos independentes de domínio, então nenhum conhecimento científico prévio é necessário.
Visão geral do curso¶
Este curso é prático, com exercícios orientados a objetivos estruturados para introduzir informações gradualmente.
Você executará várias versões de um pipeline Nextflow que processa entradas de texto, começando com uma versão simples de uma única etapa e progredindo para uma versão de múltiplas etapas que recebe um arquivo CSV de entradas, executa algumas etapas de transformação e produz um único arquivo de texto contendo arte ASCII gerada por uma ferramenta em contêiner.
Este curso foca na execução de pipelines (nomeado após o comando principal nextflow run).
Se você está procurando uma introdução ao desenvolvimento de pipelines Nextflow, veja Hello Nextflow.
Nota
Procurando a versão anterior deste curso? Ela foi substituída pela versão nesta página, mas ainda pode ser acessada na versão 3.6.1 do site de treinamento.
Plano de aula¶
| Capítulo do curso | Resumo | Duração estimada |
|---|---|---|
| Parte 1: Executar Nextflow | Iniciar e gerenciar pipelines Nextflow, e entender os mecanismos essenciais do fluxo de trabalho | 25 mins |
| Parte 2: Configurar o pipeline | Configurar a execução do pipeline e as saídas usando nextflow.config |
20 mins |
| Parte 3: Gerenciar execuções de fluxos de trabalho | Gerar relatórios de execução, inspecionar o histórico de execuções anteriores e limpar diretórios de trabalho antigos | 10 mins |
| Parte 4: Executar pipelines remotos | Executar um pipeline diretamente do GitHub e fixá-lo em uma revisão específica | 10 mins |
Ao final deste curso, você estará bem preparado para enfrentar os próximos passos em sua jornada para executar fluxos de trabalho reproduzíveis para suas necessidades de computação científica.
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