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Resumen del curso

Traducción asistida por IA - más información y sugerencias

¡Felicidades por completar el curso de entrenamiento Nextflow Run!

Su recorrido

Comenzó con un workflow muy básico, y aprendió a ejecutarlo, encontrar las salidas y gestionar su ejecución. Luego, trabajó a través de versiones cada vez más complejas de ese workflow y aprendió a reconocer los conceptos y mecanismos esenciales que impulsan los pipelines de Nextflow, incluyendo channels y operadores, modularización de código y contenedores. Finalmente, aprendió cómo personalizar la configuración de un pipeline para adaptarlo a sus preferencias y su infraestructura computacional.

Lo que aprendió

Ahora puede gestionar la ejecución del pipeline Hello, describir cómo está estructurado e identificar las piezas principales de código involucradas.

  • La forma final del workflow Hello toma como entrada un archivo CSV que contiene saludos de texto.
  • Los cuatro pasos están implementados como processes de Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings y cowpy) almacenados en archivos de módulos separados.
  • Los resultados se publican en un directorio llamado results/.
  • La salida final del pipeline es un archivo de texto plano que contiene arte ASCII de un personaje diciendo los saludos en mayúsculas.
sayHello*-output.txtconvertToUpperUPPER-*collectGreetingsCOLLECTED-trio-output.txtHELLOBONJOURHOLàHello, English, 123 Bonjour, French, 456Holà, Spanish, 789greetings.csvHELLOBONJOURHOLàUPPER-Hello-output.txtUPPER-Bonjour-output.txtUPPER-Holà-output.txtcowPycowpy-COLLECTED-trio-output.txt--batch triotrio-report.txtThere were 3 greetingsin this batch.--input_________/ HOLà \| HELLO |\ BONJOUR /--------- \ ,+*^^*+___+++_ \ ,*^^^^ ) \ _+* ^**+_ \ +^ _ _++*+_+++_, ) _+^^*+_ ( ,+*^ ^ \+_ ) { ) ( ,( ,_+--+--, ^) ^\ { (\@) } f ,( ,+-^ __*_*_ ^^\_ ^\ ) {:;-/ (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_ ) ) / ( / ( ( ,___ ^*+_+* ) < < \ U _/ ) *--< ) ^\-----++__) ) ) ) ( ) _(^)^^)) ) )\^^^^^))^*+/ / / ( / (_))_^)) ) ) ))^^^^^))^^^)__/ +^^ ( ,/ (^))^)) ) ) ))^^^^^^^))^^) _) *+__+* (_))^) ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^ \ \_)^)_)) ))^^^^^^^^^^))^^^^) (_ ^\__^^^^^^^^^^^^))^^^^^^^) ^\___ ^\__^^^^^^))^^^^^^^^)\\ ^^^^^\uuu/^^\uuu/^^^^\^\^\^\^\^\^\^\ ___) >____) >___ ^\_\_\_\_\_\_\) ^^^//\\_^^//\\_^ ^(\_\_\_\) ^^^ ^^ ^^^ ^
  1. sayHello: Escribe cada saludo en su propio archivo de salida (ej. "Hello-output.txt")
  2. convertToUpper: Convierte cada saludo a mayúsculas (ej. "HELLO")
  3. collectGreetings: Recolecta todos los saludos en mayúsculas en un único archivo de lote
  4. cowpy: Genera arte ASCII usando la herramienta cowpy

La configuración del workflow soporta proporcionar entradas y parámetros de manera flexible y reproducible.

Habilidades adquiridas

A través de este curso práctico, ha aprendido cómo:

  • Lanzar un workflow de Nextflow localmente
  • Encontrar e interpretar salidas (resultados) y archivos de registro generados por Nextflow
  • Reconocer los componentes principales de Nextflow que constituyen un workflow simple de múltiples pasos
  • Describir conceptos del siguiente nivel como operadores y fábricas de channels
  • Configurar pipelines para diferentes entornos de cómputo

Ahora está equipado con el conocimiento fundamental para comenzar a integrar pipelines de Nextflow existentes en su propio trabajo.

Próximos pasos para desarrollar sus habilidades

Aquí están nuestras principales sugerencias de qué hacer a continuación:

Finalmente, le recomendamos que eche un vistazo a Seqera Platform, una plataforma basada en la nube desarrollada por los creadores de Nextflow que hace aún más fácil lanzar y gestionar sus workflows, así como gestionar sus datos y ejecutar análisis interactivamente en cualquier entorno.

Obtener ayuda

Para recursos de ayuda y soporte de la comunidad, vea la página de Ayuda.

Encuesta de retroalimentación

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