시작하기¶

교육 환경 시작¶

GitHub Codespaces에서 제공하는 사전 구성된 환경을 사용하려면 아래의 "Open in GitHub Codespaces" 버튼을 클릭하세요. 다른 옵션은 환경 설정을 참조하세요.

환경이 로드되는 동안 계속 읽을 수 있도록, 교육 환경을 새 브라우저 탭이나 창에서 여는 것을 권장합니다(사용 중인 운영체제에 따라 마우스 오른쪽 클릭, ctrl-클릭 또는 cmd-클릭을 사용하세요). 과정을 진행하는 동안 이 안내 페이지를 함께 열어 두어야 합니다.

환경 기본 사항¶

이 교육 환경에는 교육 과정을 진행하는 데 필요한 모든 소프트웨어, 코드, 데이터가 포함되어 있으므로 별도로 설치할 필요가 없습니다.

Codespace는 VSCode 인터페이스로 구성되어 있으며, 파일 탐색기(File Explorer), 코드 편집기, 터미널 셸이 포함되어 있습니다. 과정 중 제공되는 모든 안내(예: '파일 열기', '코드 편집' 또는 '명령 실행')는 별도로 명시되지 않는 한 VSCode 인터페이스의 이 세 가지 구성 요소를 가리킵니다.

혼자 이 과정을 진행하는 경우, 자세한 내용은 환경 기본 사항을 참고하세요.

버전 요구 사항¶

이 과정은 Nextflow 25.10.2 이상이 필요하며, v2 문법 분석기가 활성화되어 있어야 합니다(25.10 이상에서는 기본값입니다). 로컬 또는 커스텀 환경을 사용하는 경우, 여기에 문서화된 올바른 설정을 사용하고 있는지 확인하세요.

작업 준비¶

Codespace가 실행되면, 본격적으로 시작하기 전에 두 가지를 먼저 진행합니다. 작업 디렉토리를 설정하고, 제공된 자료를 살펴보는 것입니다.

작업 디렉토리 설정¶

기본적으로 Codespace는 모든 교육 과정의 루트 디렉토리에서 열립니다. 이 과정에서는 config-exec/ 디렉토리로 이동합니다:

cd config-exec/

그런 다음 VSCode가 이 디렉토리에 집중하도록 설정하여, 파일 탐색기 사이드바에 관련 파일만 표시되도록 합니다:

code .

팁

어떤 이유로든 이 디렉토리를 벗어난 경우(예: Codespace가 중지 상태가 된 경우), GitHub Codespaces 교육 환경 내에서 실행 중이라면 전체 경로를 사용하여 언제든지 돌아올 수 있습니다:

cd /workspaces/training/config-exec

제공된 자료 살펴보기¶

왼쪽의 파일 탐색기를 사용하거나 tree 명령을 사용하여 과정 자료를 살펴볼 수 있습니다. 터미널에서 다음 명령을 실행하여 전체 구조를 확인합니다:

tree . -L 2

디렉토리 내용

.
├── data
│   └── greetings.csv
├── main.nf
├── modules
│   ├── collectGreetings.nf
│   ├── convertToUpper.nf
│   ├── cowpy.nf
│   └── sayHello.nf
└── nextflow.config

main.nf 및 modules/ 파일은 Nextflow Run에서 사용한 것과 동일한 다단계 파이프라인이며, nextflow.config 파일도 거기서 이미 확인한 것과 동일한 설정 파일입니다. 이 연습들을 진행하면서 두 파일 모두 확장하게 됩니다.

data/ 디렉토리에는 파이프라인이 읽어 들이는 CSV 입력 파일이 포함되어 있습니다.

준비 확인 목록¶

시작할 준비가 되었나요?

이 과정의 목표와 사전 요구 사항을 이해했습니다
환경이 실행 중입니다
작업 디렉토리를 적절히 설정했습니다

모든 항목을 확인했다면 시작할 준비가 된 것입니다.

파트 1: 컴퓨팅 환경에 맞게 조정하기로 계속하려면 이 페이지의 오른쪽 하단 모서리에 있는 화살표를 클릭하세요.