과정 요약¶

nf-core 사용 교육 과정을 완료하신 것을 축하드립니다! 🎉

학습 여정¶

nf-core/demo 파이프라인을 찾고 가져오는 것부터 시작하여, test 프로파일을 사용해 실행하고 출력 결과를 확인하는 방법을 학습했습니다. 이어서 파이프라인 매개변수와 설정 파일을 통해 실행을 설정하고, nf-core 파이프라인이 매개변수와 입력 데이터를 검증하는 방식을 살펴보았습니다. 마지막으로, 동일한 기술을 프로덕션 규모의 파이프라인인 nf-core/rnaseq에 적용하고, 사용 가능한 하드웨어에 맞게 기본 리소스 할당을 재정의하는 방법을 학습했습니다.

학습 내용¶

이제 nf-core 파이프라인을 찾고, 가져오고, 실행하고, 설정할 수 있습니다.

nf-core 파이프라인은 nextflow pull로 가져오며, 표준 코드 구성을 따릅니다.
모든 nf-core 파이프라인에는 소규모 데이터셋에서 빠른 검증을 위한 test 프로파일이 포함되어 있습니다.
파이프라인 매개변수(--param_name 또는 -params-file로 설정)와 설정(-c로 설정)은 서로 다른 목적을 가집니다. 전자는 입력 및 분석 옵션을, 후자는 리소스 할당과 같은 실행 관련 설정을 담당합니다.
nf-core 파이프라인은 매개변수와 입력 파일을 자동으로 검증하여, 작업이 시작되기 전에 오류를 감지합니다.
리소스 기본값은 conf/base.config에 정의된 레이블(process_low, process_medium, process_high)을 통해 할당되며, 사용자 정의 설정 파일로 재정의할 수 있습니다.

습득한 기술¶

이 실습 과정을 통해 다음을 수행하는 방법을 학습했습니다.

nf-co.re 웹사이트에서 nf-core 파이프라인을 찾고 소스 코드 가져오기
내장된 test 프로파일을 사용하여 파이프라인을 실행하고 출력 결과 확인하기
도움말 확인, 매개변수 설정, 매개변수 및 입력 검증 이해하기
설정 파일을 통해 리소스 할당 및 도구 인자 맞춤화하기
프로덕션 규모의 파이프라인을 가져와 실행하고, 기본 리소스 레이블 재정의하기

이제 자신의 분석을 위해 nf-core 파이프라인을 실행하는 데 필요한 기초 지식을 갖추었습니다.

기술 향상을 위한 다음 단계¶

다음으로 진행할 수 있는 주요 제안 사항입니다.

Scale with Seqera를 통해 대규모로 파이프라인을 실행하고 모니터링하기
nf-core 파이프라인을 실행하는 것에 그치지 말고, 직접 개발해 보세요! Build with nf-core에서 nf-core 모범 사례를 학습하기
Nextflow 자체가 처음이라면 Nextflow Run부터 시작하기
Nextflow for Science에서 과학적 분석 사례에 Nextflow 적용하기
Side Quests에서 더 고급 Nextflow 기능 살펴보기

도움 받기¶

도움 자료 및 커뮤니티 지원은 도움말 페이지를 참조하세요.

피드백 설문¶

다음 단계로 넘어가기 전에, 잠시 시간을 내어 과정 설문을 완료해 주세요! 여러분의 피드백은 모든 사람을 위한 교육 자료 개선에 도움이 됩니다.

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