시작하기¶

교육 환경 시작¶

GitHub Codespaces에서 제공하는 사전 구성된 환경을 사용하려면 아래의 "Open in GitHub Codespaces" 버튼을 클릭하세요. 다른 옵션은 환경 옵션을 참조하세요.

환경이 로드되는 동안 계속 읽을 수 있도록, 교육 환경을 새 브라우저 탭이나 창에서 여는 것을 권장합니다(사용 중인 운영체제에 따라 마우스 오른쪽 클릭, ctrl-클릭 또는 cmd-클릭을 사용하세요). 과정을 진행하는 동안 이 안내 페이지를 함께 열어 두어야 합니다.

환경 기본 사항¶

이 교육 환경에는 교육 과정을 진행하는 데 필요한 모든 소프트웨어, 코드, 데이터가 포함되어 있으므로 별도로 설치할 필요가 없습니다.

Codespace는 VSCode 인터페이스로 구성되어 있으며, 파일 탐색기(File Explorer), 코드 편집기, 터미널 셸이 포함되어 있습니다. 과정 중에 제공되는 모든 안내(예: '파일 열기', '코드 편집' 또는 '명령 실행')는 별도로 명시되지 않는 한 VSCode 인터페이스의 이 세 가지 구성 요소를 가리킵니다.

혼자서 이 과정을 진행하는 경우, 자세한 내용은 환경 기본 사항을 참조하세요.

버전 요구 사항¶

이 교육은 v2 syntax parser가 적용된 Nextflow 25.10.2 이상에서 작동하며, v2 parser는 Nextflow 26.04부터 기본값으로 설정됩니다. 교육 환경에서는 별도로 설정할 필요가 없습니다. v2 parser가 적용된 Nextflow 26.04.4가 실행됩니다. 로컬 또는 커스텀 환경을 사용하는 경우 버전 참고 사항을 확인하세요.

nf-core/demo는 Nextflow 25.10.4 이상이 필요합니다

파트 1에서 사용하는 nf-core/demo 파이프라인은 자체적으로 최소 Nextflow 버전(>=25.10.4)을 요구하며, 이는 교육의 일반 최소 버전인 25.10.2보다 더 엄격합니다. 교육 환경은 이미 이 요구 사항을 충족합니다. 로컬 또는 커스텀 환경을 사용하는 경우 Nextflow 25.10.4 이상을 사용하고 있는지 확인하세요.

이 교육에는 추가로 nf-core tools 4.0.2가 필요합니다. 다른 버전의 nf-core 도구를 사용하는 경우 과정을 따라가는 데 어려움이 있을 수 있습니다.

nf-core --version 명령을 사용하여 환경에 설치된 버전을 확인할 수 있습니다.

v2 parser 호환성

많은 nf-core 파이프라인이 아직 v2 syntax parser를 지원하지 않습니다. 이 과정에서 사용하는 파이프라인 외의 nf-core 파이프라인을 실행하다가 오류가 발생하면, export NXF_SYNTAX_PARSER=v1을 설정하여 v1 parser로 전환해야 할 수 있습니다. 자세한 내용은 버전 참고 사항을 확인하세요.

작업 준비¶

Codespace가 실행되면, 교육을 시작하기 전에 두 가지를 먼저 해야 합니다. 이 과정의 작업 디렉토리를 설정하고, 제공된 자료를 살펴보는 것입니다.

작업 디렉토리 설정¶

기본적으로 Codespace는 모든 교육 과정의 루트 디렉토리에서 열리지만, 이 과정에서는 nfcore-use/ 디렉토리에서 작업합니다.

터미널에서 다음 명령을 실행하여 디렉토리를 변경합니다.

cd nfcore-use/

팁

어떤 이유로든 이 디렉토리를 벗어난 경우(예: Codespace가 중지 상태가 된 경우), GitHub Codespaces 교육 환경 내에서 실행 중이라면 전체 경로를 사용하여 언제든지 돌아올 수 있습니다.

cd /workspaces/training/nfcore-use

다음으로, 이 디렉토리의 내용을 살펴봅니다.

제공된 자료 살펴보기¶

교육 작업 공간 왼쪽의 파일 탐색기(File Explorer)를 사용하여 이 디렉토리의 내용을 살펴볼 수 있습니다. 또는 tree 명령을 사용할 수도 있습니다.

tree .

디렉토리 내용

.
├── custom.config
├── laptop.config
├── malformed_samplesheet.csv
└── my_params.yml

laptop.config 파일은 프로덕션 규모의 파이프라인을 로컬에서 실행할 때 리소스 사용량을 제한하기 위해 섹션 4에서 사용할 설정 파일입니다. 그때까지는 무시해도 됩니다.
my_params.yml, malformed_samplesheet.csv, custom.config 파일은 파트 2에서 파일로부터 매개변수 설정, 입력 유효성 검사, process 수준의 설정 재정의를 시연하는 데 사용됩니다. 이 파일들도 그때까지는 무시해도 됩니다.

준비 완료 체크리스트¶

시작할 준비가 되었나요?

이 과정의 목표와 사전 요구 사항을 이해했습니다
환경이 실행 중입니다
nf-core tools 4.0.2를 사용하고 있습니다(nf-core --version으로 확인)
작업 디렉토리를 적절히 설정했습니다

모든 항목을 확인했다면 시작할 준비가 된 것입니다.

파트 1로 계속하려면 이 페이지의 오른쪽 하단 모서리에 있는 화살표를 클릭하세요.