파트 1: 웹 인터페이스에서 파이프라인 실행¶

AI 지원 번역 - 자세히 알아보기 및 개선 제안

Scale with Seqera 교육 과정의 이 파트에서는 Seqera Platform에 대한 접근 권한을 설정하고 웹 인터페이스에서 프로덕션 규모의 파이프라인을 실행합니다.

시작하기 페이지의 안내에 따라 작업 디렉토리가 seqera-scale/로 설정되어 있는지 확인하세요.

1. Seqera 시작하기¶

Seqera는 Nextflow 파이프라인을 실행, 모니터링, 관리하기 위한 종합 플랫폼을 제공합니다. 이 섹션에서는 회원가입 방법과 첫 번째 파이프라인을 실행하기 전에 플랫폼을 파악하는 방법을 안내합니다.

1.1. 무료 계정 가입¶

cloud.seqera.io에 접속하여 무료 계정을 만드세요. 이메일 주소, GitHub, 또는 Google 계정으로 가입할 수 있습니다.

무료 계정으로 이용할 수 있는 기능:

개인 워크스페이스: 파이프라인 추가, 컴퓨팅 환경 설정, 실행 관리를 위한 개인 공간
Community Showcase 접근: 사전 설정된 설정과 예제 실행 데이터가 포함된 nf-core 및 커뮤니티 파이프라인의 큐레이션 컬렉션

계정 등급 및 이용 가능한 기능에 대한 전체 개요는 Seqera 문서를 참조하세요.

1.2. Community Showcase 살펴보기¶

직접 파이프라인을 실행하기 전에 잠시 Community Showcase를 살펴보세요. 실제 파이프라인과 데이터를 통해 플랫폼이 어떻게 작동하는지 미리 확인할 수 있습니다.

cloud.seqera.io에 로그인합니다.
왼쪽 사이드바에서 Showcase를 클릭합니다.
사용 가능한 파이프라인을 살펴봅니다. Use nf-core 과정에서 접했던 여러 nf-core 파이프라인을 확인할 수 있습니다.
파이프라인을 클릭하여 설정 및 실행 설정을 확인합니다.
Runs를 클릭하여 이전 실행의 작업 수준 세부 정보 및 보고서를 포함한 예제 실행 기록을 살펴봅니다.

읽기 전용 보기이지만, 직접 실행하기 전에 인터페이스가 어떻게 작동하는지 파악할 수 있습니다.

1.3. 컴퓨팅이 설정된 워크스페이스 접근¶

파이프라인을 실행하려면 컴퓨팅 환경이 설정된 워크스페이스가 필요합니다.

Seqera는 두 가지 방식으로 컴퓨팅을 제공합니다:

자체 인프라 연결: AWS, Azure, Google Cloud, HPC 스케줄러(SLURM, LSF, PBS 등). 설정 가이드는 컴퓨팅 환경 문서를 참조하세요.
Seqera Compute: AWS에서 사전 프로비저닝된 컴퓨팅 환경을 제공하는 관리형 서비스로, 유료이며 클라우드 계정 설정이 필요하지 않습니다. 워크스페이스 설정에서 직접 활성화할 수 있습니다.

그룹 교육: 그룹 교육 세션에 참여 중인 경우, 이미 컴퓨팅이 설정된 조직 및 워크스페이스에 추가되어 있을 수 있습니다. 강사가 조직 이름, 워크스페이스 이름, 그 외 필요한 세부 정보를 안내해 드립니다.

개인 학습: 혼자 이 교육을 진행하는 경우, 위의 옵션 중 하나를 사용하여 개인 워크스페이스에 컴퓨팅 환경을 설정해야 합니다. Seqera Compute를 체험할 수 있는 무료 크레딧은 요청을 통해 제공됩니다.

참고

이 과정의 나머지 부분은 컴퓨팅 환경이 설정된 워크스페이스에 접근할 수 있다고 가정합니다. 그룹 교육 세션에 참여 중인 경우, 강사가 사용할 워크스페이스와 컴퓨팅 환경을 안내해 드립니다.

핵심 정리¶

Seqera 계정을 만들고, Community Showcase를 살펴보았으며, 컴퓨팅이 설정된 워크스페이스에 접근할 수 있습니다.

다음 단계¶

Seqera Cloud 웹 인터페이스에서 프로덕션 규모의 RNA-seq 파이프라인을 실행합니다.

2. 웹 인터페이스에서 nf-core/rnaseq 실행¶

Use nf-core 과정에서 다룬 것처럼, nf-core/rnaseq 파이프라인은 대량 RNA 시퀀스 데이터 분석을 위한 커뮤니티 큐레이션 파이프라인입니다.

이 섹션에서는 파이프라인을 워크스페이스에 추가하고, 실행을 시작하며, 실행 과정을 모니터링합니다.

2.1. 워크스페이스에 파이프라인 추가¶

편리하게도, nf-core/rnaseq는 Seqera Pipelines 서비스를 통해 몇 번의 클릭만으로 워크스페이스에 추가할 수 있는 큐레이션 파이프라인 컬렉션의 일부입니다.

이 과정의 후반부에서 직접 만든 파이프라인을 추가하는 방법을 안내합니다.

Seqera Pipelines에 접속하여 커뮤니티 컬렉션을 살펴봅니다.
rnaseq를 검색하고 nf-core/rnaseq를 선택합니다.
Launch Pipeline을 클릭하거나 페이지 하단의 Launch Pipeline 섹션으로 스크롤합니다.
로그인되어 있는지 확인하고 Organizations, Workspace, Compute Environment 드롭다운 메뉴에서 적절한 값을 선택합니다. 그룹 사용 팁: 공유 워크스페이스를 사용하는 경우, 파이프라인 이름에 고유 식별자(예: 사용자 이름)를 추가하세요.
Add pipeline to your Seqera account를 클릭합니다.

Pipeline added: View Pipeline이라는 메시지가 포함된 상자가 나타납니다. 링크를 클릭하면 런치패드의 파이프라인 항목으로 이동합니다.

이제 파이프라인이 워크스페이스의 Launchpad 패널에 표시되며 실행할 준비가 되었습니다.

2.2. 파이프라인 실행¶

Launchpad 패널 또는 파이프라인 세부 정보 페이지에서 파이프라인의 Launch 버튼을 클릭합니다. 설정 인터페이스가 열립니다.

파이프라인은 이미 test 프로파일로 설정되어 있으므로, 입력 데이터, 출력 디렉토리, 레퍼런스 게놈이 미리 채워져 있습니다. 지금은 나머지 매개변수와 고급 설정은 무시해도 됩니다.

파란색 Launch 버튼을 클릭하여 실행을 시작합니다.

2.3. 실행 모니터링¶

실행을 시작하면 파이프라인의 Runs 패널로 이동합니다.

실행 보기에는 다음 정보가 표시됩니다:

Status: 실행의 현재 상태(제출됨, 실행 중, 성공, 실패)
Command line: Platform이 구성하고 제출한 정확한 nextflow run 명령어
Parameters: 이 실행에 사용된 모든 매개변수 값
Tasks: 상태, 소요 시간, 리소스 사용량이 포함된 모든 process 실행 목록

작업 행을 클릭하면 다음을 포함한 실행 세부 정보를 확인할 수 있습니다:

실행된 .command.sh 스크립트
표준 출력(stdout) 및 stderr 로그
CPU, 메모리, I/O 메트릭

Reports 탭에는 실행이 완료되면 모든 샘플의 품질 관리 메트릭을 결합한 MultiQC 보고서가 표시됩니다.

실행하는 데 시간이 걸리므로, 지금은 계속 진행하고 나중에 출력 결과 등을 확인합니다.

핵심 정리¶

Seqera 워크스페이스에 파이프라인을 추가하고, 실행을 설정 및 시작하며, 대규모 실행을 모니터링하는 방법을 학습했습니다.

다음 단계¶

파트 2로 이동하여 tw CLI를 사용하여 명령줄에서 이 모든 작업을 수행하는 방법을 학습합니다.

요약¶

이 파트에서 학습한 내용:

Seqera 계정 가입 및 Community Showcase 살펴보기
큐레이션 카탈로그에서 파이프라인 추가, 프로덕션 규모 실행 시작, 실행 모니터링