Configure Executioncourse¶
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Résumé du cours
Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations
Configure Execution est une introduction pratique à l'adaptation de l'exécution de pipelines Nextflow à différents environnements de calcul.
À travers des exercices orientés objectifs, vous apprendrez à changer de technologie de packaging logiciel, à sélectionner une plateforme d'exécution, à contrôler les allocations de ressources de calcul et les relances, et à regrouper la configuration en profils commutables.
Vous repartirez avec les compétences et la confiance nécessaires pour configurer l'exécution de pipelines Nextflow comme un·e pro.
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Informations complémentaires
Prérequis techniques
Vous aurez besoin d'un compte GitHub OU d'une installation locale de Nextflow. Consultez Options d'environnement pour plus de détails.
Objectifs d'apprentissage
- Changer de technologie de packaging logiciel entre Docker et Conda
- Sélectionner une plateforme d'exécution et comprendre comment Nextflow adapte l'exécution des tâches
- Contrôler les allocations de ressources de calcul et relancer automatiquement les tâches qui échouent
- Définir et combiner des profils pour basculer entre des configurations prédéfinies
Public et prérequis
- Audience : Ce cours est conçu pour les apprenant·es qui savent déjà lancer des pipelines Nextflow en local et souhaitent configurer l'exécution de manière plus approfondie.
- Compétences : Une certaine familiarité avec la ligne de commande est supposée.
- Cours : Vous devez avoir suivi Nextflow Run ou être à l'aise avec l'exécution d'un pipeline local via
nextflow run.
Aperçu du cours¶
Ce cours est pratique et s'appuie sur les compétences abordées dans Nextflow Run.
Vous reprendrez le même pipeline multi-étapes de ce cours et adapterez progressivement sa configuration à différents environnements de calcul, puis regrouperez tout dans des profils entre lesquels vous pourrez basculer au moment de l'exécution.
Plan de cours¶
| Chapitre du cours | Résumé | Durée estimée |
|---|---|---|
| Partie 1 : S'adapter à votre environnement de calcul | Changer de technologie de packaging logiciel et sélectionner une plateforme d'exécution | 20 min |
| Partie 2 : Gérer les ressources de calcul et les échecs | Contrôler les allocations de ressources et relancer automatiquement les tâches qui échouent | 15 min |
| Partie 3 : Utiliser des profils pour changer de configuration | Définir et combiner des profils, et inspecter la configuration entièrement résolue | 15 min |
À la fin de ce cours, vous serez à l'aise pour configurer des pipelines Nextflow pour différents environnements de calcul et basculer entre eux sans difficulté.
Prêt·e à suivre le cours ?