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Résumé de la formation

Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations

Félicitations pour avoir terminé la formation Nextflow Run !

Votre parcours

Vous avez commencé avec un workflow très basique, et avez appris à l'exécuter et à trouver ses sorties. Ensuite, vous avez exécuté des versions progressivement plus réalistes de ce pipeline : traitement de plusieurs entrées à partir d'un fichier CSV en parallèle, utilisation de -resume pour ignorer le travail déjà effectué, et utilisation de conteneurs pour gérer les logiciels dont dépend un pipeline. Puis, vous avez appris à personnaliser la configuration d'un pipeline à l'aide de nextflow.config et des profils, et à contrôler où et comment ses sorties sont publiées. Ensuite, vous avez appris à générer des rapports d'exécution, à inspecter l'historique des exécutions passées, et à nettoyer les anciens répertoires de travail. Enfin, vous avez appris à exécuter des pipelines directement depuis des dépôts distants tels que GitHub.

Compétences acquises

À travers cette formation pratique, vous avez appris à :

  • Lancer un workflow Nextflow localement et trouver ses sorties
  • Exécuter un pipeline multi-étapes qui traite plusieurs entrées en parallèle
  • Utiliser -resume pour éviter de répéter le travail déjà effectué
  • Utiliser des conteneurs pour gérer les dépendances logicielles
  • Configurer des pipelines à l'aide de nextflow.config et des profils
  • Personnaliser où et comment les sorties sont publiées
  • Générer un rapport d'exécution HTML avec -with-report et une chronologie d'exécution avec -with-timeline
  • Inspecter l'historique des exécutions passées avec nextflow log
  • Nettoyer les anciens répertoires de travail avec nextflow clean
  • Exécuter un pipeline directement depuis un dépôt distant, et le fixer à une révision spécifique (puis annuler ce fixage) pour la reproductibilité

Vous êtes maintenant équipé·e des connaissances fondamentales pour commencer à intégrer des pipelines Nextflow existants dans votre propre travail.

Prochaines étapes pour développer vos compétences

Voici nos principales suggestions pour la suite :

Ou, si vous êtes prêt·e à ne plus seulement exécuter Nextflow mais à commencer à l'écrire, devenez un·e développeur·se Nextflow avec Hello Nextflow.

Obtenir de l'aide

Pour les ressources d'aide et le support communautaire, consultez la page d'aide.

Enquête de satisfaction

Avant de passer à autre chose, veuillez prendre une minute pour compléter l'enquête de la formation ! Vos retours nous aident à améliorer nos supports de formation pour tout le monde.

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