Side Questscourse¶
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Résumé du cours
Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations
Les Quêtes secondaires sont des mini-cours de formation autonomes qui approfondissent des sujets Nextflow spécifiques.
Chaque quête secondaire peut être suivie indépendamment, dans n'importe quel ordre, pour développer vos compétences dans les domaines qui comptent le plus pour vos propres projets. Ensemble, elles couvrent les compétences nécessaires pour passer de pipelines simples à des workflows prêts pour la production.
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Informations complémentaires
Prérequis techniques
Vous aurez besoin d'un compte GitHub OU d'une installation locale de Nextflow. Consultez Options d'environnement pour plus de détails.
Objectifs d'apprentissage
- Configurer un environnement de développement Nextflow productif
- Appliquer des modèles de script avancés pour des transformations de données complexes
- Gérer et propager des métadonnées dans des workflows en plusieurs étapes
- Diviser et regrouper des canaux de données pour un traitement parallèle et séquentiel
- Tester des workflows Nextflow avec nf-test
- Composer des pipelines complexes à partir de modules de workflow nommés et réutilisables
- Travailler efficacement avec des fichiers grâce aux opérations sur les fichiers Nextflow
- Déboguer systématiquement les problèmes courants de workflow
- Utiliser et créer des plugins Nextflow
Public et prérequis
- Public : Cette collection est destinée aux apprenant·es ayant terminé le cours débutant Hello Nextflow et souhaitant approfondir des sujets spécifiques.
- Compétences : Une expérience avec la ligne de commande et une familiarité avec les concepts et outils de base de Nextflow sont supposées.
- Cours : Avoir complété Hello Nextflow ou équivalent.
Parcourir par thème¶
Si c'est la première fois que vous suivez l'une de nos formations, commencez par la page Premiers pas pour un aperçu de l'environnement de formation et des supports. Sinon, n'hésitez pas à plonger directement dans la quête qui vous attire.
| Quête secondaire | Résumé | Durée estimée |
|---|---|---|
| Outils et astuces pour développeur·ses | ||
| Environnement de développement | Configurer un environnement de développement Nextflow local et productif | 45 min |
| Débogage des workflows | Identifier et corriger les erreurs courantes dans les workflows | 1 heure |
| Modèles de script essentiels | Techniques de script avancées pour les défis courants des workflows | 90 min |
| Plongée en profondeur dans le dataflow | ||
| Traitement des fichiers en entrée | Gestion des fichiers, opérations sur les chemins et organisation des sorties | 45 min |
| Métadonnées et meta maps | Utiliser des maps de métadonnées pour suivre et propager les informations sur les échantillons | 45 min |
| Division et regroupement | Techniques de division et de regroupement des canaux de données | 45 min |
| Architecture modulaire en pratique | ||
| Workflows de workflows | Composer des pipelines complexes à partir de modules de workflow nommés et réutilisables | 30 min |
| L'univers étendu de Nextflow | ||
| Tests avec nf-test | Écrire et exécuter des tests pour les workflows Nextflow | 1 heure |
| Développement de plugins | Utiliser et créer des plugins Nextflow | 3 heures |