Démarrage¶

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Lancer un environnement de formation¶

Pour utiliser l'environnement pré-construit que nous fournissons sur GitHub Codespaces, cliquez sur le bouton « Open in GitHub Codespaces » ci-dessous. Pour d'autres options, consultez Options d'environnement.

Nous vous recommandons d'ouvrir l'environnement de formation dans un nouvel onglet ou une nouvelle fenêtre de navigateur (utilisez le clic droit, ctrl-clic ou cmd-clic selon votre équipement) afin de pouvoir continuer à lire pendant que l'environnement se charge. Vous devrez garder ces instructions ouvertes en parallèle pour suivre la formation.

Les bases de l'environnement¶

Cet environnement de formation contient tous les logiciels, le code et les données nécessaires pour suivre la formation, vous n'avez donc pas besoin d'installer quoi que ce soit vous-même.

Le codespace est configuré avec une interface VSCode, qui comprend un explorateur de fichiers, un éditeur de code et un terminal shell. Toutes les instructions données pendant la formation (par exemple « ouvrir le fichier », « modifier le code » ou « exécuter cette commande ») se réfèrent à ces trois parties de l'interface VSCode, sauf indication contraire.

Si vous suivez cette formation par vous-même, veuillez vous familiariser avec les bases de l'environnement pour plus de détails.

Exigences de version¶

Cette formation requiert Nextflow 25.10.2 ou ultérieur, avec le parseur de syntaxe v2 activé (valeur par défaut dans la version 25.10+). Si vous utilisez un environnement local ou personnalisé, veuillez vous assurer que vous utilisez les paramètres corrects comme documenté ici.

Se préparer à travailler¶

Une fois votre codespace en cours d'exécution, il y a deux choses à faire avant de plonger dans la formation : définir votre répertoire de travail, et examiner les matériaux fournis.

Définir le répertoire de travail¶

Par défaut, le codespace s'ouvre à la racine de toutes les formations. Pour cette formation, changez vers le répertoire nextflow-run/ :

cd nextflow-run/

Configurez ensuite VSCode pour se concentrer sur ce répertoire, de sorte que seuls les fichiers pertinents apparaissent dans la barre latérale de l'explorateur de fichiers :

code .

Astuce

Si pour une raison quelconque vous sortez de ce répertoire (par exemple, votre codespace s'endort), vous pouvez toujours utiliser le chemin complet pour y revenir, en supposant que vous exécutez cela dans l'environnement de formation GitHub Codespaces :

cd /workspaces/training/nextflow-run

Explorer les matériaux fournis¶

Vous pouvez explorer les matériaux de la formation en utilisant l'explorateur de fichiers sur la gauche, ou avec la commande tree. Exécutez la commande suivante depuis le terminal pour voir la structure complète :

tree . -L 2

Contenu du répertoire

.
├── 1-hello.nf
├── 2-inputs.nf
├── data
│   ├── greetings-extended.csv
│   └── greetings.csv
├── main.nf
├── modules
│   ├── collectGreetings.nf
│   ├── convertToUpper.nf
│   ├── cowpy.nf
│   └── sayHello.nf
└── nextflow.config

Les fichiers .nf sont des scripts de workflow de complexité croissante, utilisés dans cet ordre tout au long de la formation.

Le répertoire data/ contient les fichiers CSV d'entrée que nous utiliserons à partir de la section 2.

Le répertoire modules/ contient les définitions de processus utilisées par main.nf.

Le fichier nextflow.config est un fichier de configuration qui définit les propriétés minimales de l'environnement. Vous pouvez l'ignorer pour l'instant ; nous le passerons en revue dans la section 4.

Liste de vérification de préparation¶

Vous pensez être prêt·e à plonger ?

Je comprends l'objectif de cette formation et ses prérequis
Mon environnement est opérationnel
J'ai défini mon répertoire de travail de manière appropriée

Si vous pouvez cocher toutes les cases, vous êtes prêt·e à commencer.

Pour continuer vers Partie 1 : Exécuter Nextflow, cliquez sur la flèche en bas à droite de cette page.