Résumé du cours¶

Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations

Félicitations pour avoir terminé le cours de formation Use nf-core ! 🎉

Votre parcours¶

Vous avez commencé par trouver et récupérer le pipeline nf-core/demo, puis vous avez appris à l'exécuter en utilisant son profil de test et à examiner ses sorties. Ensuite, vous avez configuré son exécution via les paramètres du pipeline et les fichiers de configuration, et vous avez vu comment les pipelines nf-core valident les paramètres et les données d'entrée. Enfin, vous avez appliqué ces mêmes compétences à nf-core/rnaseq, un pipeline à l'échelle de la production, et vous avez appris à remplacer ses allocations de ressources par défaut pour les adapter au matériel dont vous disposez.

Ce que vous avez appris¶

Vous êtes maintenant en mesure de trouver, récupérer, exécuter et configurer des pipelines nf-core.

Les pipelines nf-core sont récupérés avec nextflow pull et suivent une organisation du code standardisée.
Chaque pipeline nf-core est livré avec un profil test pour une validation rapide sur un petit jeu de données.
Les paramètres du pipeline (définis via --param_name ou -params-file) et la configuration (définie via -c) servent des objectifs différents : les entrées et les options d'analyse d'un côté, la logistique d'exécution comme l'allocation des ressources de l'autre.
Les pipelines nf-core valident automatiquement les paramètres et les fichiers d'entrée, détectant les erreurs avant qu'aucun travail ne soit effectué.
Les ressources par défaut sont assignées via des labels (process_low, process_medium, process_high) définis dans conf/base.config, que vous pouvez remplacer avec un fichier de configuration personnalisé.

Compétences acquises¶

Au cours de cette formation pratique, vous avez appris à :

Trouver un pipeline nf-core sur le site nf-co.re et récupérer son code source
Exécuter un pipeline en utilisant son profil de test intégré et examiner ses sorties
Obtenir de l'aide, définir des paramètres et comprendre la validation des paramètres et des entrées
Personnaliser l'allocation des ressources et les arguments des outils via des fichiers de configuration
Récupérer et exécuter un pipeline à l'échelle de la production, et remplacer ses labels de ressources par défaut

Vous êtes maintenant équipé·e des connaissances fondamentales pour commencer à exécuter des pipelines nf-core pour vos propres analyses.

Prochaines étapes pour développer vos compétences¶

Voici nos meilleures suggestions pour la suite :

Lancez et surveillez ces pipelines à grande échelle avec Scale with Seqera
Ne vous contentez pas d'exécuter des pipelines nf-core, développez-en ! Apprenez les bonnes pratiques nf-core avec Build with nf-core
Vous êtes nouveau·elle sur Nextflow ? Commencez par Nextflow Run
Appliquez Nextflow à un cas d'usage d'analyse scientifique avec Nextflow for Science
Explorez des fonctionnalités Nextflow plus avancées avec les Quêtes secondaires

Obtenir de l'aide¶

Pour les ressources d'aide et le soutien de la communauté, consultez la page d'aide.

Enquête de satisfaction¶

Avant de continuer, veuillez prendre un moment pour compléter l'enquête du cours ! Vos retours nous aident à améliorer nos supports de formation pour tout le monde.

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