Configuração de Execuçãocourse¶
-
Resumo do curso
Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias
Configure Execution é uma introdução prática à adaptação da execução de pipelines Nextflow a diferentes ambientes computacionais.
Trabalhando em exercícios orientados a objetivos, você aprenderá como alternar a tecnologia de empacotamento de software, selecionar uma plataforma de execução, controlar alocações de recursos computacionais e reexecuções, e agrupar configurações em perfis intercambiáveis.
Você sairá com as habilidades e a confiança para configurar a execução de pipelines Nextflow como um profissional.
-
Informações adicionais
Requisitos técnicos
Você precisará de uma conta no GitHub OU de uma instalação local do Nextflow. Consulte Opções de ambiente para mais detalhes.
Objetivos de aprendizado
- Alternar a tecnologia de empacotamento de software entre Docker e Conda
- Selecionar uma plataforma de execução e entender como o Nextflow adapta a execução de tarefas a ela
- Controlar alocações de recursos computacionais e reexecutar automaticamente tarefas que falham
- Definir e combinar perfis para alternar entre configurações predefinidas
Público e pré-requisitos
- Público: Este curso é destinado a pessoas que já sabem como executar pipelines Nextflow localmente e desejam configurar a execução com mais profundidade.
- Habilidades: É assumida alguma familiaridade com a linha de comando.
- Cursos: É necessário ter concluído o Nextflow Run ou estar confortável em executar um pipeline local com
nextflow run.
Visão geral do curso¶
Este curso é prático e se baseia nas habilidades abordadas no Nextflow Run.
Você utilizará o mesmo pipeline de múltiplas etapas daquele curso e adaptará progressivamente sua configuração para diferentes ambientes computacionais, agrupando tudo em perfis que podem ser alternados em tempo de execução.
Plano de aulas¶
| Capítulo do curso | Resumo | Duração estimada |
|---|---|---|
| Parte 1: Adapte ao seu ambiente computacional | Alternar a tecnologia de empacotamento de software e selecionar uma plataforma de execução | 20 min |
| Parte 2: Gerencie recursos computacionais e falhas | Controlar alocações de recursos e reexecutar automaticamente tarefas que falham | 15 min |
| Parte 3: Use perfis para alternar configurações | Definir e combinar perfis, e inspecionar a configuração completamente resolvida | 15 min |
Ao final deste curso, você estará confortável para configurar pipelines Nextflow para uma variedade de ambientes computacionais e alternar entre eles com o mínimo de esforço.
Pronto para começar o curso?