Primeiros passos¶

Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias

Inicie um ambiente de treinamento¶

Para usar o ambiente pré-configurado que disponibilizamos no GitHub Codespaces, clique no botão "Open in GitHub Codespaces" abaixo. Para outras opções, consulte Opções de ambiente.

Recomendamos abrir o ambiente de treinamento em uma nova aba ou janela do navegador (use o botão direito do mouse, ctrl+clique ou cmd+clique dependendo do seu equipamento) para que você possa continuar lendo enquanto o ambiente carrega. Você precisará manter estas instruções abertas em paralelo para acompanhar o curso.

Noções básicas do ambiente¶

Este ambiente de treinamento contém todo o software, código e dados necessários para acompanhar o curso de treinamento, portanto você não precisa instalar nada por conta própria.

O codespace é configurado com uma interface VSCode, que inclui um explorador de arquivos, um editor de código e um terminal shell. Todas as instruções fornecidas durante o curso (por exemplo, 'abra o arquivo', 'edite o código' ou 'execute este comando') se referem a essas três partes da interface do VSCode, salvo indicação em contrário.

Se você está acompanhando este curso por conta própria, familiarize-se com as noções básicas do ambiente para mais detalhes.

Requisitos de versão¶

Este treinamento funciona com Nextflow 25.10.2 ou posterior com o parser de sintaxe v2, que é o padrão a partir do Nextflow 26.04. No nosso ambiente de treinamento você não precisa fazer nada: ele executa o Nextflow 26.04.4 com o parser v2. Se você estiver usando um ambiente local ou personalizado, consulte as notas de versão.

nf-core/demo requer Nextflow 25.10.4 ou posterior

O pipeline nf-core/demo usado na Parte 1 impõe sua própria versão mínima do Nextflow (>=25.10.4), que é mais restritiva do que o requisito mínimo geral do treinamento de 25.10.2. Nosso ambiente de treinamento já satisfaz esse requisito; se você estiver usando um ambiente local ou personalizado, certifique-se de estar no Nextflow 25.10.4 ou posterior.

Este treinamento também requer nf-core tools 4.0.2. Se você usar uma versão diferente das ferramentas nf-core, pode ter dificuldades para acompanhar.

Você pode verificar qual versão está instalada no seu ambiente usando o comando nf-core --version.

Compatibilidade com o parser v2

Muitos pipelines nf-core ainda não suportam o parser de sintaxe v2. Se você executar um pipeline nf-core diferente dos usados neste curso e encontrar erros, pode ser necessário alternar para o parser v1 definindo export NXF_SYNTAX_PARSER=v1. Consulte as notas de versão para mais detalhes.

Prepare-se para trabalhar¶

Assim que seu codespace estiver em execução, há duas coisas que você precisa fazer antes de mergulhar no treinamento: definir seu diretório de trabalho para este curso específico e dar uma olhada nos materiais fornecidos.

Defina o diretório de trabalho¶

Por padrão, o codespace abre com o diretório de trabalho definido na raiz de todos os cursos de treinamento, mas para este curso, trabalharemos no diretório nfcore-use/.

Mude para esse diretório agora executando este comando no terminal:

cd nfcore-use/

Dica

Se por algum motivo você sair deste diretório (por exemplo, seu codespace entrar em modo de suspensão), você sempre pode usar o caminho completo para retornar a ele, assumindo que você está executando dentro do ambiente de treinamento do Github Codespaces:

cd /workspaces/training/nfcore-use

Em seguida, explore o conteúdo deste diretório.

Explore os materiais fornecidos¶

Você pode explorar o conteúdo deste diretório usando o explorador de arquivos no lado esquerdo do espaço de trabalho de treinamento. Como alternativa, você pode usar o comando tree.

tree .

Conteúdo do diretório

.
├── custom.config
├── laptop.config
├── malformed_samplesheet.csv
└── my_params.yml

O arquivo laptop.config é um arquivo de configuração que usaremos na seção 4 para limitar o uso de recursos ao executar um pipeline em escala de produção localmente. Você pode ignorá-lo até lá.
Os arquivos my_params.yml, malformed_samplesheet.csv e custom.config são usados na Parte 2, para demonstrar a definição de parâmetros a partir de um arquivo, validação de entrada e substituições de configuração no nível do processo. Você também pode ignorá-los até lá.

Lista de verificação de prontidão¶

Acha que está pronto para começar?

Entendo o objetivo deste curso e seus pré-requisitos
Meu ambiente está em funcionamento
Estou usando nf-core tools 4.0.2 (verifique com nf-core --version)
Defini meu diretório de trabalho adequadamente

Se você conseguir marcar todas as caixas, está pronto para começar.

Para continuar para a Parte 1, clique na seta no canto inferior direito desta página.