Primeiros passos¶

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Inicie um ambiente de treinamento¶

Para usar o ambiente pré-configurado que disponibilizamos no GitHub Codespaces, clique no botão "Open in GitHub Codespaces" abaixo. Para outras opções, consulte Opções de ambiente.

Recomendamos abrir o ambiente de treinamento em uma nova aba ou janela do navegador (use o botão direito do mouse, ctrl+clique ou cmd+clique dependendo do seu equipamento) para que você possa continuar lendo enquanto o ambiente carrega. Você precisará manter estas instruções abertas em paralelo para acompanhar o curso.

Noções básicas do ambiente¶

Este ambiente de treinamento contém todo o software, código e dados necessários para acompanhar o curso, portanto você não precisa instalar nada por conta própria.

O codespace é configurado com uma interface VSCode, que inclui um explorador de arquivos, um editor de código e um terminal. Todas as instruções fornecidas durante o curso (por exemplo, 'abra o arquivo', 'edite o código' ou 'execute este comando') se referem a essas três partes da interface VSCode, salvo indicação em contrário.

Se você está acompanhando este curso por conta própria, familiarize-se com as noções básicas do ambiente para mais detalhes.

Requisitos de versão¶

Este curso requer Nextflow 25.10.2 ou posterior, com o parser de sintaxe v2 habilitado (padrão no 25.10+). Se você estiver usando um ambiente local ou personalizado, certifique-se de estar usando as configurações corretas conforme documentado aqui.

Prepare-se para trabalhar¶

Assim que seu codespace estiver em execução, há duas coisas a fazer antes de começar: definir seu diretório de trabalho e dar uma olhada nos materiais fornecidos.

Defina o diretório de trabalho¶

Por padrão, o codespace abre na raiz de todos os cursos de treinamento. Para este curso, mude para o diretório config-exec/:

cd config-exec/

Em seguida, configure o VSCode para focar neste diretório, de modo que apenas os arquivos relevantes apareçam na barra lateral do explorador de arquivos:

code .

Dica

Se por algum motivo você sair deste diretório (por exemplo, seu codespace entrar em modo de suspensão), você sempre pode usar o caminho completo para retornar a ele, assumindo que você está executando dentro do ambiente de treinamento do Github Codespaces:

cd /workspaces/training/config-exec

Explore os materiais fornecidos¶

Você pode explorar os materiais do curso usando o explorador de arquivos à esquerda, ou com o comando tree. Execute o seguinte no terminal para ver a estrutura completa:

tree . -L 2

Conteúdo do diretório

.
├── data
│   └── greetings.csv
├── main.nf
├── modules
│   ├── collectGreetings.nf
│   ├── convertToUpper.nf
│   ├── cowpy.nf
│   └── sayHello.nf
└── nextflow.config

Os arquivos main.nf e modules/ são o mesmo pipeline de múltiplas etapas do Nextflow Run, e o arquivo nextflow.config é a mesma configuração que você já viu lá. Você vai expandir ambos ao longo destes exercícios.

O diretório data/ contém o arquivo de entrada CSV que o pipeline lê.

Lista de verificação de prontidão¶

Acha que está pronto para começar?

Entendo o objetivo deste curso e seus pré-requisitos
Meu ambiente está funcionando
Defini meu diretório de trabalho adequadamente

Se você conseguir marcar todas as caixas, está pronto para continuar.

Para continuar para a Parte 1: Adapte ao seu ambiente de computação, clique na seta no canto inferior direito desta página.