Primeiros passos¶

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Inicie um ambiente de treinamento¶

Para usar o ambiente pré-construído que fornecemos no GitHub Codespaces, clique no botão "Open in GitHub Codespaces" abaixo. Para outras opções, veja Opções de ambiente.

Recomendamos abrir o ambiente de treinamento em uma nova aba ou janela do navegador (use clique direito, ctrl-clique ou cmd-clique dependendo do seu equipamento) para que você possa continuar lendo enquanto o ambiente carrega. Você precisará manter estas instruções abertas em paralelo para trabalhar no curso.

Noções básicas do ambiente¶

Este ambiente de treinamento contém todo o software, código e dados necessários para trabalhar no curso de treinamento, então você não precisa instalar nada.

O codespace é configurado com uma interface VSCode, que inclui um explorador de sistema de arquivos, um editor de código e um terminal shell. Todas as instruções dadas durante o curso (por exemplo, 'abra o arquivo', 'edite o código' ou 'execute este comando') referem-se a essas três partes da interface VSCode, a menos que especificado de outra forma.

Se você está fazendo este curso sozinho, por favor familiarize-se com as noções básicas do ambiente para mais detalhes.

Requisitos de versão¶

Este curso requer Nextflow 25.10.2 ou posterior, com o parser de sintaxe v2 habilitado (o padrão na versão 25.10+). Se você está usando um ambiente local ou personalizado, certifique-se de estar usando as configurações corretas conforme documentado aqui.

Prepare-se para trabalhar¶

Uma vez que seu codespace esteja rodando, há duas coisas a fazer antes de mergulhar no treinamento: definir seu diretório de trabalho e dar uma olhada nos materiais fornecidos.

Defina o diretório de trabalho¶

Por padrão, o codespace abre na raiz de todos os cursos de treinamento. Para este curso, mude para o diretório nextflow-run/:

cd nextflow-run/

Em seguida, configure o VSCode para focar neste diretório, para que apenas os arquivos relevantes apareçam na barra lateral do explorador de arquivos:

code .

Dica

Se por qualquer razão você sair deste diretório (por exemplo, seu codespace adormecer), você sempre pode usar o caminho completo para retornar a ele, assumindo que está executando dentro do ambiente de treinamento do GitHub Codespaces:

cd /workspaces/training/nextflow-run

Explore os materiais fornecidos¶

Você pode explorar os materiais do curso usando o explorador de arquivos à esquerda, ou com o comando tree. Execute o seguinte no terminal para ver a estrutura completa:

tree . -L 2

Conteúdo do diretório

.
├── 1-hello.nf
├── 2-inputs.nf
├── data
│   ├── greetings-extended.csv
│   └── greetings.csv
├── main.nf
├── modules
│   ├── collectGreetings.nf
│   ├── convertToUpper.nf
│   ├── cowpy.nf
│   └── sayHello.nf
└── nextflow.config

Os arquivos .nf são scripts de fluxo de trabalho de complexidade crescente, usados nessa ordem ao longo do curso.

O diretório data/ contém os arquivos CSV de entrada que usaremos a partir da seção 2.

O diretório modules/ contém as definições de processos usadas pelo main.nf.

O arquivo nextflow.config é um arquivo de configuração que define propriedades mínimas do ambiente. Você pode ignorá-lo por enquanto; vamos abordá-lo na seção 4.

Lista de verificação de prontidão¶

Acha que está pronto para mergulhar?

Eu entendo o objetivo deste curso e seus pré-requisitos
Meu ambiente está funcionando
Eu defini meu diretório de trabalho apropriadamente

Se você pode marcar todas as caixas, está pronto para começar.

Para continuar para Parte 1: Executar Nextflow, clique na seta no canto inferior direito desta página.