Missões Secundáriascourse¶
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Resumo do curso
Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias
As Missões Secundárias são mini-cursos de treinamento independentes que se aprofundam em tópicos específicos do Nextflow.
Cada missão secundária pode ser realizada de forma independente, em qualquer ordem, para desenvolver suas habilidades nas áreas que mais importam para seus próprios projetos. Juntas, elas cobrem as habilidades necessárias para evoluir de pipelines simples para fluxos de trabalho prontos para produção.
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Informações adicionais
Requisitos técnicos
Você precisará de uma conta no GitHub OU de uma instalação local do Nextflow. Consulte Opções de ambiente para mais detalhes.
Objetivos de aprendizado
- Configurar e ajustar um ambiente de desenvolvimento Nextflow produtivo
- Aplicar padrões avançados de scripting para transformações de dados complexas
- Manipular e propagar metadados em fluxos de trabalho de múltiplas etapas
- Dividir e agrupar canais de dados para processamento paralelo e serial
- Testar fluxos de trabalho Nextflow usando nf-test
- Compor pipelines complexos a partir de módulos de fluxo de trabalho nomeados e reutilizáveis
- Trabalhar eficientemente com arquivos usando operações de arquivo do Nextflow
- Depurar problemas comuns de fluxo de trabalho de forma sistemática
- Usar e criar plugins para Nextflow
Público e pré-requisitos
- Público: Esta coleção é destinada a pessoas que concluíram o curso iniciante Hello Nextflow e desejam se aprofundar em tópicos específicos.
- Habilidades: Experiência com a linha de comando e familiaridade com conceitos básicos de Nextflow e suas ferramentas são assumidas.
- Cursos: É necessário ter concluído o Hello Nextflow ou equivalente.
Explorar por Tópico¶
Se esta é a primeira vez que você realiza um dos nossos treinamentos, comece pela página de Introdução para ter uma visão geral do ambiente de treinamento e dos materiais. Caso contrário, sinta-se à vontade para mergulhar diretamente na missão que mais chamar sua atenção.
| Missão Secundária | Resumo | Tempo Estimado |
|---|---|---|
| Ferramentas e Truques para Desenvolvedores | ||
| Ambiente de Desenvolvimento | Configure um ambiente de desenvolvimento Nextflow local e produtivo | 45 min |
| Depuração de Fluxos de Trabalho | Identificando e corrigindo erros comuns em fluxos de trabalho | 1 hora |
| Padrões Essenciais de Scripting | Técnicas avançadas de scripting para desafios comuns em fluxos de trabalho | 90 min |
| Mergulho Profundo no Dataflow | ||
| Processamento de Arquivos de Entrada | Manipulação de arquivos, operações de caminho e organização de saídas | 45 min |
| Metadados e Meta Maps | Usando mapas de metadados para rastrear e propagar informações de amostras | 45 min |
| Divisão e Agrupamento | Técnicas para dividir e reagrupar canais de dados | 45 min |
| Arquitetura Modular na Prática | ||
| Fluxos de Trabalho de Fluxos de Trabalho | Compondo pipelines complexos a partir de módulos de fluxo de trabalho nomeados e reutilizáveis | 30 min |
| O Universo Estendido do Nextflow | ||
| Testes com nf-test | Escrevendo e executando testes para fluxos de trabalho Nextflow | 1 hora |
| Desenvolvimento de Plugins | Usando e criando plugins para Nextflow | 3 horas |