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Resumo do curso

Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias

Parabéns por concluir o curso de treinamento Nextflow Run! 🎉

Sua jornada

Você começou com um fluxo de trabalho muito básico e aprendeu a executá-lo e encontrar suas saídas. Em seguida, você executou versões progressivamente mais realistas daquele pipeline: processando múltiplas entradas de um arquivo CSV em paralelo, usando -resume para pular trabalhos já concluídos, e usando contêineres para gerenciar o software do qual um pipeline depende. Depois, você aprendeu como personalizar a configuração de um pipeline usando nextflow.config e profiles, e como controlar onde e como suas saídas são publicadas. Em seguida, você aprendeu como gerar relatórios de execução, inspecionar o histórico de execuções anteriores e limpar diretórios de trabalho antigos. Por fim, você aprendeu como executar pipelines diretamente de repositórios remotos como o GitHub.

Habilidades adquiridas

Através deste curso prático, você aprendeu como:

  • Iniciar um fluxo de trabalho Nextflow localmente e encontrar suas saídas
  • Executar um pipeline de múltiplas etapas que processa várias entradas em paralelo
  • Usar -resume para evitar repetir trabalhos já concluídos
  • Usar contêineres para gerenciar dependências de software
  • Configurar pipelines usando nextflow.config e profiles
  • Personalizar onde e como as saídas são publicadas
  • Gerar um relatório de execução em HTML com -with-report e uma linha do tempo de execução com -with-timeline
  • Inspecionar o histórico de execuções anteriores com nextflow log
  • Limpar diretórios de trabalho antigos com nextflow clean
  • Executar um pipeline diretamente de um repositório remoto e fixá-lo a uma revisão específica (e desfixá-lo novamente) para reprodutibilidade

Você agora está equipado com o conhecimento fundamental para começar a integrar pipelines Nextflow existentes em seu próprio trabalho.

Próximos passos para desenvolver suas habilidades

Aqui estão nossas principais sugestões do que fazer a seguir:

Ou, se você estiver pronto para parar de apenas executar Nextflow e começar a escrever, torne-se um desenvolvedor Nextflow com Hello Nextflow.

Obtendo ajuda

Para recursos de ajuda e suporte da comunidade, veja a página de Ajuda.

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